Федор Емельяненко родился 28 сентября 1976 года в городе Рубежном Луганской области в рабочей семье. Его отец был электриком, а мать крановщицей. Через два года после рождения будущего чемпиона семья переехала в Россию, поселившись в Старом Осколе. Впервые к единоборствам Федор стал приобщаться в десятилетнем возрасте – начал посещать секцию дзюдо и самбо, а в 1987 году поступил в класс под руководством тренера Владимира Воронова. Отучившись затем в училище и отслужив в армии, в 1997 году Емельяненко в усиленном режиме возобновляет занятия спортом. И в том же году он выигрывает международный конкурс по самбо, и чуть позже удостаивается звания мастера спорта по дзюдо. Через год Емельяненко вновь побеждает на соревнованиях по самбо, получая второе звание мастера спорта – на этот раз по самбо.
В 1998 году Емельяненко становится чемпионом России по дзюдо, чемпионом России в соревнованиях вооруженных сил, а в 1999 году вновь выигрывает соревнования по самбо.
В 2000 году Федор переключается на изучение боев без правил, уже в 2001 году становясь чемпионом мира в этой категории.